为了从迷之巨大怪物手上守护日本的和平，新干线超进化研究所开发了「新干线变形机器人辛卡利欧」。为了防备新的敌人袭来，研究所还秘密开发新型机器人「辛卡利欧Z」。与「辛卡利欧Z」适合率高的孩子们被选作驾驶员，与研究所的人们合力迎击再次出现的巨大怪物体。未知的敌人出现。两个少年的相遇。辛卡利欧进一步进化即将开始！！！