一群普通人在末日预言中被选中进入「盖亚方舟」避难所，却发现这艘方舟并非拯救人类的诺亚船，而是充满基因改造实验与时空裂缝的禁忌之地。主角因意外觉醒操控生态能量的异能，带领幸存者对抗幕后操纵者，逐步揭开方舟与地球周期性毁灭的关联。在资源争夺与变异生物威胁中，他们必须解开远古文明遗留的密码，抉择究竟要重启世界，还是彻底摧毁方舟的轮回诅咒。